主要依協會從事之業務，向各該目的事業主管機關申請方案或計劃的補助款，如：宗教類可向民政局申請、文化類可向文化局申請、教育類及體育類可向教育局及體育局申請、社會福利服務類則依「臺南市政府社會局推展社會福利服務補助作業規範」規定向社會局申請。