臺南市政府表示，0206震災善款來自各界愛心，市府誠惶誠恐、謹慎把關，均以協助受災民眾生活或災害損失補助等公益性質為使用目的，並秉持善款善用、公開透明之原則運用0206善款。截至107年3月底，善款累計收入43億609萬9,132元，已支出金額23億4,986萬3,722元，剩餘19億5,704萬5,410元，運用比率達55%，目前各項重建及復原計畫仍持續進行中，善款相關收支每月均公告於市府網站，可供民眾檢視。
社會局指出，善款後續結餘運用，各界均非常關心，市府也在今年一月召開相關會議，針對0206善款結餘運用研議可能方案，後續會謹慎評估各方案的可行性，包括：1.臺南市政府成立重大災害賑災專戶、2.扣除保留金額後，賸餘款轉捐財團法人賑災基金會，方案的決定會待永康區維冠、東區大智、歸仁區幸福等3棟大樓重建部份完成後再議。
社會局強調，上述方案均是考量且相信捐款人的善心捐贈在協助台南0206地震有餘後，應會期待繼續發揮大愛精神，不分地區、不分災害類型，持續助人，方案的評估及決定仍由市府進行中。方案公告後捐款人若是對確定執行方案的公告內容有異議者，市府也會針對有異議的民眾退還善款。