臺南市政府為使0206善款發揮最大效益，將「臺南市政府0206地震災害捐款專戶」結餘款轉成立「臺南市政府重大災害賑災捐款專戶」，重大災害賑災捐款專戶款項除持續照顧0206地震重傷民眾外，並運用於本市重大災害預防及災民救助、災後復原重建等直接有關事項。市府秉持公開透明原則設立專戶管理、訂定要點並設置重大災害賑災捐款專戶管理及監督委員會，第一屆委員包含律師、會計師、建築師以及0206地震災害災民代表等共15人，其中包含原0206地震災害委員會中續任者有10位，並已於111年3月4日召開第一次會議，每筆善款運用皆需經過該委員會進行審議及監督。
臺南市政府指出0206善款經前0206地震災害捐款專戶管理及監督委員會審議地震罹難者慰問金、受傷慰問金、醫療補助、生活重建扶助、建物補助、建物價購及拆除、教育扶助、財損補助、稅費補助、法律扶助等面項，辦理共78案扶(補)助計畫，金額計28億餘元，其中65案已完成包含因維冠大樓、京城大樓震災拆除工作影響店家營業損失補助、民有生產市場及山上購物中心攤商營業損失、維冠大樓倒塌週邊受災戶財損補助、東區大智生產市場與歸仁幸福大樓受災戶財損補助，以及維冠大樓實居所有權人或承租人、承租店家等受災戶財損補助，各項運用0206善款支應計畫皆經過0206善款委員會審議通過並已辦理完畢，餘13案持續執行中，截至111年2月底0206善款結餘款金額為14億餘元。
市府定期(逐月)將專戶收支情形公告於市府及社會局網站，以供大眾責信，0206震災迄今已逾6年，針對受災民眾所辦理的各項扶(補)助以及三棟大樓的重建等工作已完成階段性任務，對0206受災之災民依據臺南市政府○二○六地震災害捐款專戶設置管理及監督作業要點持續關懷及照顧，另為使社會各界捐款0206震災之精神發揮最大效益，經多次0206善款委員會討論，為將0206地震災害捐款專戶結餘款轉至臺南市政府重大災害賑災捐款專戶，可持續運用善款照顧原0206震災扶助之受重傷災民，故比照公益勸募許可辦法第6條規定於110年11月1日至11月31日止辦理捐款人聲明異議公告，於公告截止日止皆無人提出異議，故於3月4日正式運作並召開重大災害賑災捐款專戶管理及監督委員會。
臺南市政府再次表示重大災害賑災捐款專戶款項的管理及運用，已訂定要點、設立專戶、設置委員會以達審議及監督工作，市府將持續秉持初衷運用該專戶，繼續關懷陪伴0206受災民眾，並透由社工評估針對有需求者辦理扶助事宜，亦運用於本市重大災害預防及災民救助、災後復原重建等有關事項，擴大延續各界捐助0206善款精神。