臺南市長黃偉哲為了強化轄內「新冠肺炎」社福機構防疫網，指示對轄內安養、養護、教養等機構做好超前部署之防疫作為。社會局自4月13日起對轄內142家社福機構邀集專業醫師或具公衛背景之專家學者，組成「防疫諮詢督導小組」進行實地防疫諮詢及督導，依機構內之環境、設備、人力做完整分區管理、分流照顧之全面防疫指導，除協助機構落實防疫措施外，並由專家針對機構防疫應變作為提供具體有效之建議，全面強化機構防疫應變能力。
台南市以最高規格防範疫情擴散，在第一時間即要求住宿式機構訂定應變整備作戰計畫並辦理演練，社會局已於2月全面完成所轄立案社福機構的實地輔導查核。由於「新冠肺炎」疫情持續升溫，為了確保機構因應疫情發展能迅速妥善處理，檢視工作人員是否有正確防疫認知、確實執行防疫及住民健康監測等事項，以及發現疑似病例後之機構職責分工、送醫流程、隔離空間動線、人員留置及清消等防護措施。黃市長指示社會局組成「防疫諮詢督導小組」並啟動輔導機制，預計4月底前完成142家社福機構之實地諮詢督導，包括115家老人安養及養護機構、24家身障福利機構、3家兒少安置及教養機構。盼藉由感染管控領域專家的實地輔導，協助機構檢視現有防疫計畫之妥適性，確保一旦機構發生確定病例，能夠迅速啟動因地制宜的應變計畫，以維護工作人員及住民之生命安全。
市長黃偉哲強調防疫重在提前反應、超前部署，防疫工作每個環節都不容忽視，前端防護措施確實執行，就能有效降低疫情發生之風險。台南市除了住宿型社福機構至4月30日止全面暫停探訪，由機構協助提供手機、電腦視訊外，並加強機構內落實規劃實施住民分艙、分流管理及工作人員分區照護，儘量避免工作人員跨區服務，若有確定病例發生時，實施分區照護可降低群聚感染之風險。市長黃偉哲也表示，非常感謝社福機構第一線工作人員努力不懈的堅守崗位，強調機構工作人員在這場防疫戰役都是功不可沒的一分子。 。